Después de los eventos de "Transformers Prime: Predacons Rising", los Autobots y sus aliados están trabajando arduamente para reconstruir su planeta natal, Cybertron, completamente restaurado de su antiguo y largo letargo. Mientras los Autobots esperan que regresen más de sus hermanos Cybertron, tienen que luchar contra los grupos de resistencia Decepticon restantes, como el grupo mercenario, los Combaticons. Sin embargo, las cosas se complican más de lo esperado. Antiguos enemigos finalmente han despertado de su estasis y ahora atacan tanto a los Autobots como a los Decepticons para terminar lo que su amo, Unicron , ha comenzado.