Han pasado seis meses desde los acontecimientos de la película anterior. El destino ha regresado a la ciudad de Uminari con Lindy como su tutor legal y está viviendo la vida de una niña normal de primaria junto con Nanoha y sus amigos. Sin embargo, la reunión entre los dos nuevos amigos se interrumpe cuando son atacados por cuatro antiguos usuarios de magia que se identifican como Wolkenritter. A medida que los motivos detrás de las acciones de Wolkenritter se vuelven claros, Nanoha y Fate se encuentran en una carrera contra el tiempo para detener la reactivación de un artefacto altamente peligroso conocido como El Libro de la Oscuridad.
